Contexte international

Le choix d'une Légumineuse-modèle a permis le développement de programmes ambitieux de génomique des deux côtés de l'Atlantique.

- La NSF finance plusieurs projets importants (http://www.medicago.org): (1) de génomique structurale avec la construction d'une carte physique par Doug Cook à l'Université de Californie à Davis, (2) de transcriptomique impliquant l'Université du Minnesota à Saint-Paul (Kate VandenBosch) et le TIGR (http://www.tigr.org/tdb/mtgi/) et (3) un programme de génomique comparative Mtr, luzerne et soja (Nevin Young à Saint-Paul et Doug Cook à Davis).

- La Noble Foundation (Ardmore, USA) (http://www.noble.org/medicago/index.htm) développe également un programme important d'études des transcriptome, protéome et métabolome, avec un intérêt particulier pour la symbiose endomycorhizienne et la synthèse de métabolites secondaires comme les isoflavonoïdes, qui sont des composés d'un grand intérêt médical. Par ailleurs cette fondation finance le séquençage massif du génome de Mtr par le Advanced Center of Genome Technology de l'Université d'Oklahoma, dirigé par Bruce Roe (http://www.genome.ou.edu/).

- En France, un programme de génomique portant sur Mtr, réunissant 8 laboratoires, a été soutenu conjointement par le CNRS (programme "Génome") et l'INRA (programme "Génomes et Fonctions") pour une durée de 2 ans (1998-99). Ce projet comportait différents volets : cartographie génétique et physique, construction d'une banque de mutants d'insertion par transposon, analyse du protéome symbiotique, criblage de mutants symbiotiques, et séquençage de cDNAs symbiotiques.

- Le Génoscope (Evry) (http://www.cns.fr/) a réalisé le séquençage de 25.000 ESTs issus de 3 banques ADNc correspondant à trois situations physiologiques différentes (symbiose avec Rhizobium, symbiose mycorhizienne et racines témoins) et fournies par deux des laboratoires participant au programme INRA/CNRS. Les séquences d'ESTs (http://medicago.toulouse.inra.fr/Mt/public/ESTMtruncatula.html) ainsi produites ont été analysées et annotées au LBMRPM CNRS-INRA de Toulouse, qui dispose déjà de solides compétences et infrastructures en bio-informatique (pôle Génome & Informatique de l'INRA-Toulouse).

- 125.000 ESTs (pour une actualisation du nombre des ESTs consulter : http://) de Mtr ont déjà été déposées dans les bases de données publiques, où elles sont plus nombreuses que pour A. thaliana (113.400) ou le riz (80.100).

- Un projet européen " Integrated structural, functional and comparative genomics of the model legume Medicago truncatula " est financé dans le cadre du 5ème PCRD et associe onze participants ((http://medicago.toulouse.inra.fr/EU ).

- Des réunions internationales consacrées à Mtr ont déjà été organisées à Knoxville, USA (1996), Paris (1997), Amsterdam (1999), San Diego (2000), Madison (2001) avec une participation croissant de façon régulière